El técnico es reconocido en Colombia por hacer parte del Gol Caracol como comentarista invitado en diferentes transmisiones. Varias veces se ha especulado con su llegada al fútbol colombiano pero jamás se ha dado. Sin embargo, en su trayectoria ha dirigido a varios ‘cafeteros’.
Quilmes (2004 – 2005)
En 2003 logró el ascenso con Quilmes y a mediados de 2004 fichó a Andrés Pérez. El bogotano tenía 23 años y venía de hacer buenas temporadas en Millonarios. Quilmes ocupó el puesto 14 en torneo y para el 2005 contrataron otros dos colombianos. Iván ‘Champeta’ Velásquez fue goleador del Tolima y Juan Fernando Leal del Envigado.
El primero se terminó uniendo al equipo ‘cervecero’, pero el segundo regresó a Colombia para unirse al Junior y no disputó un solo partido en Argentina. Quilmes disputó ese semestre la Copa Libertadores pero hubo problemas económicos con los jugadores. En mayo de 2005, Alfaro presentó su renuncia cuando en la Liga ocupaba los últimos puestos.
San Lorenzo (2005 – 2006)
Primera experiencia de Alfaro en un club grande. Llegó a mediados de 2005 al tiempo que se unieron dos colombianos: Mauricio Molina y Andrés Pérez. Ambos duraron un año pero el equipo no tuvo buenas campañas. En el Apertura 2005 fueron novenos y para el Clausura 2006 se trajeron varios refuerzos como José Saturnino Cardozo y Paolo Montero. El equipo no funcionó ni los colombianos tampoco y terminaron octavos.
Arsenal de Sarandí (2006 – 2008)
Tras su experiencia en San Lorenzo tuvo un nuevo reto en el ‘Viaducto’. De nuevo se llevó a su colombiano de confianza, Andrés Pérez. En el Apertura 2006 y Clausura 2007 cumplieron buenas campañas al ser quintos. El bogotano vivió buenos momentos con Arsenal pero regresó a Millonarios a mediados de 2007.
Luego Alfaro dirigió a Jossimar Mosquera, defensor antioqueño que había estado en Godoy Cruz y Estudiantes de La Plata. Juntos hicieron historia al ganar la Copa Sudamericana 2007 y la Suruga Bank 2008. El colombiana era de total confianza para el técnico y luego lo llevó al exterior.
Al-Ahli (2009)
Luego de sus éxitos internacional el entrenador se marcho a Arabia Saudita y recomendó a Jossimar Mosquera que estuvo 6 meses.
Arsenal de Sarandí (2010 – 2014)
Alfaro regresó al equipo donde cosechó sus mayores triunfos y duró 4 años, durante ese tiempo dirigió a varios colombianos. Con Carlos Carbonero en la nómina ganó el Clausura 2012, Supercopa Argentina 2012 y la Copa Argentina 2013.
Tigre (2014 – 2015)
Con el ‘Matador’ tuvo a cargo al delantero José Érik Correa en muy pocos partidos. Pero al que si potenció fue a Sebastián Rincón, hijo de Freddy Rincón, que comenzó a destacarse en Tigre y se convirtió en una de sus figuras.
Huracán (2018)
Llegó en 2017 y comenzó una gran campaña. A mediados de 2018 pidió a Andrés Felipe Roa del Deportivo Cali. Rápidamente el colombiano se adaptó y en sus primeros 9 partidos hizo 3 goles hasta que se lesionó.
Boca Juniors (2019)
Luego de la salida de Guillermo Barros Schelotto hubo varios candidatos para dirigir al Xeneize. Finalmente, se decidieron por Gustavo Alfaro que tendrá en la nómina a varios colombianos: Frank Fabra, Wilmar Barrios y Sebastián Villa.